La Secretaría de Gobernación señaló posibles irregularidades en el operativo mediante el cual Ismael fue trasladado a Estados Unidos, al exponer contradicciones sobre la participación de autoridades estadounidenses y cuestionar si existió algún acuerdo con integrantes del crimen organizado para realizar la acción, además de reiterar que el gobierno mexicano no establece pactos con grupos delictivos.
Durante la conferencia matutina del 8 de julio, la secretaria de Gobernación, Rosa Icela Rodríguez, presentó una cronología del caso y explicó que el 25 de julio de 2024 llegó a Estados Unidos una aeronave con Zambada y Joaquín Guzmán López, además mencionó que existen versiones contradictorias sobre la intervención de la Oficina Federal de Investigaciones en el traslado.
Ante esta situación, autoridades mexicanas solicitaron mayor información para esclarecer los hechos y determinar si hubo participación de agencias estadounidenses sin conocimiento del gobierno de México, mientras continúa el análisis del caso que generó cuestionamientos en la relación bilateral y sobre los procedimientos utilizados en la captura del exintegrante del Cártel de Sinaloa.